Сегодня Muuga CT сотрудничает с десятью крупными судовладельческими компаниями:
- Tschudi Lines Baltic Sea AS. Линейные перевозки контейнеров.
- Unifeeder. Линейные перевозки контейнеров.Representative in Estonia – OÜ Pirita Marine.
- Maersk Sealand. Линейные перевозки контейнеров.Представительство в Эстонии – Maersk Eesti AS
- Mediterranean Shipping Company (MSC). Линейные перевозки контейнеров.Представительство в Эстонии – MSC Eesti AS
- Team Lines. Линейные перевозки контейнеров.Представительство в Эстонии – Team Lines Estonia OÜ
- CMA CGM. Линейные перевозки контейнеров.Представительство в Эстонии – CMA CGM Estonia OÜ
- APL. Линейные перевозки контейнеров.Представительство в Эстонии – APL Agencies AS.
- FESCO ESF. Линейные перевозки контейнеров.
- Sea Connect UAB. Линейные перевозки контейнеров.Представительство в Эстонии – SCS Estonia.
- Navirail. Линейные перевозки накатных грузов..
Muuga CT сотрудничает с крупнейшими экспедиторскими и транспортными фирмами, основные из которых:
- MSC Eesti AS
- Maersk Eesti AS
- Reval Logistic AS
- Maritime Cargo Logistics Eesti OÜ
- Cargomasters Eesti OÜ
- Omega Shipping Baltic Ltd
- Ocean Container Services Ltd
- AS Eesti Mereagentur (ESTMA)
- Express Shipping Service
- Transocean Eesti OÜ
- StarMarine OÜ
- NLS Eesti OÜ
- E.M. Trans AS
- Danzas AS
- Schenker-BTL AS
- SP Transit Eesti AS
- Beweship Eesti AS
- EE Trans OÜ
- SIS International Speditors Eesti OÜ