Tänaseks on meil väljakujunenud koostöö kaheksa suure laevaseltsiga:
- TECO Lines AS, Eesti. Konteinerite liinivedu.
- Unifeeder. Konteinerite liinivedu.
Eesti esindus – OÜ Pirita Marine - Maersk Sealand. Konteinerite liinivedu.
Eesti esindus – Maersk Eesti AS - Mediterranean Shipping Company (MSC). Konteinerite liinivedu.
Eesti esindus – MSC Eesti AS - Team Lines. Konteinerite liinivedu.
Esindaja Eestis – Team Lines Estonia OÜ - CMA CGM. Konteinerite liinivedu.
Esindaja Eestis – John Nurminen Eesti AS - APL Konteinerite liinivedu.Esindaja Eestis – APL Agencies Estonia AS
- FESCO ESF. Konteinerite liinivedu.
- Navirail RO-RO liinivedu
AS Muuga CT põhilisteks ja suurimateks koostööpartneriteks on alljärgnevad ekspedeerimis- ja transpordifirmad:
- MSC Eesti AS
- Maersk Eesti AS
- CHR. Jensen Eesti AS
- Reval Logistic AS
- Maritime Cargo Logistics Eesti OÜ
- Cargomasters Eesti OÜ
- Omega Shipping Baltic Ltd
- Ocean Container Services Ltd
- AS Eesti Mereagentur (ESTMA)
- Express Shipping Service
- Transocean Eesti OÜ
- StarMarine OÜ
- NLS Eesti OÜ
- E.M. Trans AS
- Danzas AS
- Schenker-BTL AS
- SP Transit Eesti AS
- Beweship Eesti AS
- EE Trans OÜ
- SIS International Speditors Eesti OÜ