Tänaseks on meil väljakujunenud koostöö kümme suure laevaseltsiga::
- Tschudi Lines Baltic Sea AS. Konteinerite liinivedu.
- Unifeeder. Konteinerite liinivedu.Eesti esindus – OÜ Pirita Marine.
- Maersk Sealand. Konteinerite liinivedu.Eesti esindus – Maersk Eesti AS
- Mediterranean Shipping Company (MSC). Konteinerite liinivedu.Eesti esindus – MSC Eesti AS
- Team Lines. Konteinerite liinivedu.Eesti esindus – Team Lines Estonia OÜ
- CMA CGM. Konteinerite liinivedu.Eesti esindus – CMA CGM Estonia OÜ
- APL. Konteinerite liinivedu.Eesti esindus – APL Agencies AS.
- FESCO ESF. Konteinerite liinivedu.
- Sea Connect UAB. Konteinerite liinivedu.Eesti esindus – SCS Estonia.
- Navirail RO-RO liinivedu.
AS Muuga CT põhilisteks ja suurimateks koostööpartneriteks on alljärgnevad ekspedeerimis- ja transpordifirmad:
- MSC Eesti AS
- Maersk Eesti AS
- Reval Logistic AS
- Maritime Cargo Logistics Eesti OÜ
- Cargomasters Eesti OÜ
- Omega Shipping Baltic Ltd
- Ocean Container Services Ltd
- AS Eesti Mereagentur (ESTMA)
- Express Shipping Service
- Transocean Eesti OÜ
- StarMarine OÜ
- NLS Eesti OÜ
- E.M. Trans AS
- Danzas AS
- Schenker-BTL AS
- SP Transit Eesti AS
- Beweship Eesti AS
- EE Trans OÜ
- SIS International Speditors Eesti OÜ